健康保険では、窓口でかかった医療費の一部を支払えばよいことになっています。窓口での負担金以外の医療費は、健康保険組合から社会保険診療報酬支払基金を通じて、1ヵ月ごとにまとめて各医療機関に支払われています。これは、健康保険組合が各医療機関から直接請求を受け、その支払いをした場合、事務が大変煩雑になるのを避けるためと、各医療機関からの診療報酬明細書が適正な額かどうか審査するためです。その上で、健康保険組合はさらに審査を行っており、医療費が適正に支払われるよう努めています。

本人または家族が高額な医療費を負担した場合、一定額（自己負担限度額）を超えた分は、高額療養費として、健康保険組合から払い戻されます。自己負担限度額は所得によって異なります。

同一世帯で高額療養費の対象になる医療費の支払いが1年間で4回以上あった場合、4回目からは自己負担限度額が下がります。これを「多数該当」といいます。このほか、特定疾病に指定されている血友病や人工透析治療を行う必要のある慢性腎不全など、長期にわたり高額治療が必要な場合は1ヵ月の自己負担額が10,000円までとなっています（70歳未満で標準報酬月額53万円以上の方が人工透析を受ける場合の自己負担額は20,000円となります）。

通常、医療費の3割（6歳未満2割）を一旦窓口で支払い、自己負担限度額を超えた分を健保組合から給付を受けます（高額療養費）が、「限度額適用認定証」を提示することにより窓口負担が自己負担限度額までで済むようになります。
最終的には医療費の個人負担額は同じです。また、付加給付は健保組合で自動計算し、お支払いします。
「限度額適用認定申請書」を健保組合にご提出ください。対象の方の限度額適用認定証をお作りいたします。

どの病院でも再診の場合と同じ額の医療費が請求されます。その他、往診や時間外、休日、夜間診療には通常の料金に規定の割増料金が加算されます。

請求手続きは必要ありません。病院からの請求を基に健保組合で自動的に計算し、お支払いします。
請求書（レセプト）は支払基金で点検した後に健保組合に送られてきますが、受診してから約2ヶ月後に健保組合へ届きます。そのため実際に給付金が皆様へお支払いされますのはおおむね3ヶ月後となります。
なお、支払基金で請求書に不審な点など見つけましたら病院へ差し戻すこともあり、その場合はかなりの時間を要してしまいます。

１日～当月末までの暦月で医療機関・診療科ごと、入院・通院別、調剤ごとにレセプが作成されますので、そのレセプトごとにみます。